国　宝

・絵画　普賢延命菩薩像（十二世紀）

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重要文化財

・絵画　孔雀明王像（鎌倉時代） ・彫刻　阿弥陀如来坐像（鎌倉時代） ・絵画　法華曼荼羅（鎌倉時代） ・絵画　如意輪観音像（鎌倉時代） ・絵画　終南山曼荼羅（鎌倉時代）

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重要無形民俗文化財

・仏　舞

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京都府府指定文化財

・絵画　阿弥陀三尊像（高麗時代） ・書跡　松尾寺再興啓白文（鎌倉時代） ・書跡　西国巡礼縁起（室町時代） ・建築　本堂・経蔵・仁王門（江戸時代）

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舞鶴市市指定文化財

・絵画　愛染明王像（鎌倉時代） ・彫刻　地蔵菩薩坐像（鎌倉時代） ・絵画　松尾寺参詣曼荼羅（室町時代） ・天然記念物　銀杏（伝鳥羽天皇御手植） ・天然記念物　オオキンレイカ ・彫刻　金剛力士像二体

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その他

・後陽成天皇御宸翰　勧修寺光豊宛消息 ・後桜町天皇の御遺品 ・秀吉の幽斉への下知状 ・隠元、一休、小堀遠州の書簡等